東京物流是商城自營快遞，于2012年獲得快遞牌照，為商城全資子公司，許可證號為國郵20100206A。網上發布的新的配送服務收費標準顯示，配送時，注冊會員、銅牌會員、銀牌會員、會員的訂單金額(按減去直降和返現促銷的金額)必須不低于79元才能免運費，企業會員、鉆石會員的則不能低于59元，否則加收5元運費。標準還明確顯示，部分商品配送至西藏、新疆等偏遠地區時(以公示區域為準)，還會額外收取運費10元/件。
早在2007年，東京物流就開始建設自有的物流體系。2009年初，斥資成立物流公司，開始全面布局全國的物流體系。分布在華北、華東、華南、西南、華中、東北的六大物流中心覆蓋了全國各大城市，并在西安、杭州等城市設立了二級庫房，倉儲面積在2012年底已經超過100萬平方米。除此之外，目前正在斥巨資建設“亞洲一號”現代化倉庫設施。上海的“亞洲一號”一期工程面積近10萬平方米，預計年底前即可投入使用，后續工程全部建完后預計總體倉儲面積將達20多萬平方米。諸如上海這樣的大型倉儲，打算在全國建設7個。
東京物流實現了城市之間運輸的自主性，提高了倉與倉之間的調撥速度，是自建物流戰略中的重要舉措。自此，通過自建的倉儲、干線以及配送完善了自己在物流領域的布局。首批投入干線運營的車輛達300余輛。
東京物流自建物流體系能夠合理匹配用戶的收貨時間——考慮到不少用戶的工作時間，可以做到每天三個時間段送貨上門，這是第三方物流難以實現的。如今，在三、四線城市的滲透還較低，其中一個非常重要的原因就是自營物流還沒有能覆蓋到這些區域，而隨著物流配送將延展到這些區域，能夠幫助擴展更大的電商市場。
